В течение пяти лет, с 5-го по 9-й класс, школьники учатся в основной школе. Основной курс средней школы даёт базовые знания по главным направлениям наук. В основной школе обучение ведётся по стандартной предметно-кабинетной системе: каждый учебный курс ведёт учитель — специалист по данной дисциплине, за которым закреплён собственный кабинет, и класс в течение учебного дня переходит из кабинета в кабинет. Кроме того, за классом закрепляется классный руководитель — один из учителей школы (не обязательно ведущий в этом классе какие-либо уроки, а в некоторых школах — освобождённый от учебной работы вообще), который официально отвечает за класс, решает административные и организационные вопросы, связанные с обучением класса в целом и его учеников.

Общее количество изучаемых в основной школе дисциплин — около двух десятков. Среди них: алгебра, геометрия, физика, неорганическая и общая химия, основы органической химии, биология, русский язык, литература, история, обществознание, география, иностранный язык, информационно-коммуникационные технологии, музыка, изобразительное искусство, трудовое обучение, физкультура. Учебная нагрузка составляет в среднем шесть уроков в день.

По окончании основной школы ученики сдают Государственную (итоговую) аттестацию (ГИА) : математика, русский язык и ещё два по выбору (под «сдачей» как результатом понимается получение отметки не ниже «удовлетворительно»). По результатам обучения выдаётся документ — Аттестат об основном общем образовании — подтверждающий факт обучения и содержащий оценки по всем изучавшимся дисциплинам. По завершении основной школы часть учеников остаётся в школе и переходит в старшие классы, часть отправляется учиться в средних специальных учебных заведениях.